В Revit на самом деле есть три системы отчета : Базовая точка, Точка съёмки и его внутренняя система координат. Именно по последней системе системе координат Dynamo и ведет отсчет. Подробнее можете посмотреть https://stepik.org/lesson/40203/step/4?unit=18949, перемотать на 2:50.
В вашем случае вытащите нод Point.ByCoordinate(). Данная точка создастся именно в начале внутренней системы координат и именно от этой точки будут отсчитываться все координаты.
В Вашем проекте кто-то открепил базовую точку, переместил ее, и заново прикрепил, поэтому базовая точка не совпадает с началом координат Revit.