@Шпилька, можно например использовать пакет Clockwork, в котором есть пользовательский узел для вырезания геометрии:
Element.CutGeometry
В этот узел нужно ввести элементы, из которых вырезается отверстие (elementToBeCut), и сами полые элементы отверстий (cuttingElement). Например, так:
Обратите внимание, что в моём примере у узла Element.CutGeometry включено векторное переплетение (правой кнопкой мыши на Element.CutGeometry > Переплетение > Векторное). Оно необходимо, чтобы обрабатывался весь список стен со всем списком отверстий.